生物信息与智能医学中心团队在期刊《Genomics, Proteomics & Bioinformatics》发表论文
2024年05月03日 编辑：生物信息与智能医学中心
生物信息与智能医学中心团队在生物信息学领域期刊《Genomics, Proteomics & Bioinformatics 》发表题为“NeoTCR: an immunoinformatic
database of
experimentally-supported functional neoantigen-specific TCR sequences.”论文
基于新抗原的免疫疗法被证实具有持久的抗肿瘤活性。T细胞受体（T cell
receptor, TCR）特异性识别新抗原是抗肿瘤免疫反应的触发因素。由于人类基因组中TCR数量庞大，从中精准识别新抗原特异性TCR具有极大挑战。新近研究发现了一些功能性新抗原特异性TCR，然而其散见于海量文献中，亟需对其进行系统的挖掘，以促进对新抗原特异性TCR的深入了解，并为靶向新抗原免疫疗法的临床应用提供参考。
NeoTCR是包含新抗原特异性TCR序列的免疫数据库，整合了来自18种肿瘤类型、经生物学验证的功能性新抗原特异性TCR序列，可为用户提供便捷的途径获取新抗原特异性TCR及其相关信息（涵盖识别和结合的新抗原表位、相关基因突变和HLA限制性等），为新抗原靶标及其特异性TCR序列的快速筛选提供参考。此外，NeoTCR提供TCR开源可视化分析工具，对群体TCR测序数据进行TCR序列信息注释、CDR3长度分布/序列频率、V(D)J 基因片段分布和克隆型分布等可视化，为TCR序列信息的深度挖掘提供参考。NeoTCR还提供了TCR序列与NeoTCR及公共数据库的比对分析，快速识别新抗原特异性TCR，排除旁观病毒相关TCR，为基于新抗原的免疫疗法的研发及临床应用提供参考。NeoTCR可为研究新抗原相关T细胞在抗肿瘤免疫中的作用提供一个高价值的分析平台，可进一步促进对新抗原特异性TCR生物学功能和应用的深入认识。