生物信息与智能医学中心团队在期刊《Briefings in Bioinformatics》发表论文
2023年07月 编辑：生物信息与智能医学中心
生物信息与智能医学中心团队在生物信息学领域期刊《Briefings in Bioinformatics》发表题为 HiBrowser: An Interactive and Dynamic Browser for Synchronous Hi-C Data Visualization” 论文。
高通量染色体空间捕获（Hi-C）测序技术为构建高质量的多组学数据和进行多组学比较分析提供了一种极具前景的方法，其广泛应用极大地改变了研究人员对基因组组织结构的认识。研究表明，哺乳动物基因组的三维（3D）组织在基因调控中发挥着重要作用，通过在同一结构域中折叠和整合调控活性，促进了转录调控的进行。
HiBrowser是一个开箱即用的交互式动态浏览器，能够根据需要灵活动态地重建自定义的注释轨迹。用户可以使用HiBrowser同步浏览Hi-C热图和多组学注释轨迹数据，为研究线性基因组坐标与三维空间结构的同步调控基因表达提供了便捷的在线可视化平台。HiBrowser可将两个Hi-C热图叠加，提供了A/B、B/A、AMB等多种比较模式，支持对染色体空间结构的转化进行可视化比较分析。HiBrowser还提供了一种克隆模式，可以在同一可视化页面上同步显示与相同或不同参考基因组相关的多个样本的基因组坐标位置或相同区域，为研究物种多样性和样本差异性提供了高效可视化工具。在同源物种分析中，HiBrowser支持用户同步浏览近亲物种的相同的基因坐标，允许用户导入对应的组学注释轨迹数据和三维空间结构信息，以三维空间角度提供线性基因组坐标无法完全解释物种相似的调控范式（如小鼠和人类在BCL6基因组附近的相似TAD结构和染色质环）。此外，HiBrowser还提供了与Hi-C热图同步的交互式动态3D染色质模拟结构，并支持对远端顺式调控元件的相关数据进行精确搜索，并根据搜索结果导航到Hi-C热图上感兴趣的任何区域。