生物信息与智能医学中心团队在期刊《Nucleic Acids Research》发表论文
2022年08月01日 编辑:生物信息与智能医学中心
基因复制事件在脊椎动物进化中普遍存在,并且在获得新基因和新性状方面发挥重要作用。
全基因组复制(WGD)是基因复制的重要来源之一,它可以通过增加基因组的灵活性和复杂性为自然选择提供重要原料。WGD是脊椎动物进化的驱动力,其对物种多样性有很大贡献。
DupScan是研究基因和基因组共线性和WGD的一站式分析平台,用户可以在线分析和预测多种全基因组序列的共线性和WGD模式,为6000多种脊椎动物基因组复制格局提供了高效的在线分析平台。
DupScan通过整合脊椎动物染色体高质量基因组,可以对基因和基因组尺度的共线性区域进行分析和可视化,同时DupScan搭载了全基因组浏览器BLAST功能基因染色体定位,支持五类WGD事件:
VGD2(vertebrate Genome Duplication 2),
Ars3R(Acipenser-ruthenus-specific 3R),
Pss3R(Polyodon-spathula-specific 3R),
Ts3R(teleost-specific duplication 3R),
Ss4R(salmonid-specific 4R),
Cs4R(carp-specific 4R)
该研究成果被科学网新闻、中国科学报等媒体频道专题报道。